Aunque no es exclusivo de este paraíso oaxaqueño, el fenómeno se debe al incremento en la salinidad de sus aguas, de acuerdo a la explicación brindada por la bióloga, Nathaly Jamile Santibáñez.
Detalló que esto general una diversas de algas y en este caso una microalga llamada Dunaliella salina produce de forma natural una cantidad enorme de sustancias carotenoides, las cuales son de color rojizo y anaranjado.
Un fenómeno similar ocurre en Lagunas Rosa, Coloradas, Yucatán, las cuales tienen ese color debido a la alta concentración de sal que hay en ellas, los turistas que se meten a nadar notan que es muy fácil flotar, aunque se recomienda que no sea por un largo periodo de tiempo.
En el caso de Laguna de Manialtepec los reportes indican que es la primera que se presenta el fenómeno, el cual ya ha despertado curiosidad y asombro entre los lugareños.
Pero este es derivado por la entrada de dos causes de agua: una bocabarra grande que es la que ha alimentado a la laguna con anterioridad y en última instancia se conectó una bocabarra pequeña que se encuentra antes de llegar a la laguna; cuando esta bocabarra se abre el rio se va directamente al mar y con los altos oleajes que se han presentado deja la entrada de agua salada, la cual se convierte en el principal cause de la laguna.
